Engizisyon mahkemeleri 12-13. yüzyıllarda oluşmaya başlamıştır.
Kelimenin orijinal hali latince ''inquisito''dan gelmektedir. Inquisito araştırma, soruşturma ve sorgulama anlamlarına gelmektedir.
Öncelikle kilisenin kendi içindeki yozlaşmayı, çürümeyi, kendi içindeki bazı din adamlarının yaşadığı sorunları araştırıp soruşturmayı hedefleyen bir disiplin olarak başladığı bilinmektedir. Din adamlarının yaşadığı sorunlardan kastedilen şey aslında din adamlarının liyakatsızlığıdır. Bahsi geçen dönemlerde güçlü olmanın en büyük göstergesi toprak bolluğudur. Kim büyük toprak arazilere sahipse o kadar güçlü olduğu söylenebilir. Kilise bu güç savaşlarının tam ortasında yer almaktadır. Zamanla engizisyon mahkemelerini de kilisenin kendi gücünü gösterebileceği ve hatta gücünün eziciliğini ve keyfiliğini insanlara göstereceği bir mekanizmaya dönüşmüştür. 12. ve 13. yüzyıllarda Avrupa'da çok yaygınlaşan heretik yani sapkın hareketleri acımasızca bastırma amacıyla kullanıldığını görürüz. Burada sapkın ne demek ve sapkın kimdir diye soracak olursak, kilisenin deyişine göre Hristiyanlıkla bağdaşmayan, İsa'yı ve Tanrı'yı yok sayan davranışlara ve kişilere verilen isim olduğunu görürüz ancak gerçekte bu kilisenin, otoritenin söylediklerini eleştiren, yadırgayan veya buna benzer bir imada bulunan kişilerin susturulup yok edilmesi için kullandıkları bir perde olarak var olmuştur.
Katolik kilisesi feodal bir kurum ve aynı zamanda güç. Bir dini kurum olmasının yanında elinde çok değerli araziler var. Bu nedenle kilise makamlarına sahip olmak son derece önemli bir durum.
İşkence engizisyonun en yaygın kullandığı ifade alma ve sorgulama yöntemidir. Amaç politiktir, bütün toplumun Katolik kilisesinin istediği gibi olmasını gaye edinir.
Muhbirlik çok fazladır. Bunun sebebi o cemaati veya toplumu çözmek, insanlar psikolojik olarak da etkileri altına almaktır. Örneğin bir sanığın itirafının ''samimi'' olabilmesi için itirafında bir başka ismi sorgu esnasında iflaşalaması istenir. Aksi halde sorgu kabul edilmez.
