Yunanistan'da bilimin doğuşu, iki bilgi düzeni, doğal ve doğaüstü varoluşun arasında bir ayrım olmadığı görüşü ile başlamıştır. Ancak İyonyalılar genel olarak büyü ve mitolojinin hakimiyet kurduğu topraklarda deneyimden kaynaklanan bilginin küçük bir alanda yer aldığını, doğa veya doğaüstüne dair bilginin daha büyük bir düzenden kaynağını aldığına inanmaktadır. Evrenin doğal olduğunu savunurken ateşin yakması, suyun boğması, güneşin ısıtması gibi doğa olaylarıyla evrenin bilgisinin açıklanabileceğini düşünmektedirler. Doğadaki olaylar, mitolojinin aksine ''doğaüstü'' olarak nitelendirmek yerine ''doğal'' bir şekilde açıklanmıştır. Mitolojinin doğaüstü kavramı, doğa kavramının bir alt kümesi haline gelmiştir. Anadolu'da kurulan İyonyalılar arasında büyücülük pek yaygınlaşmamıştı. Ayrıca Homeros'un Olympos tanrılarına ait dininden vazgeçmiş insanlar da mevcuttu. Ölümden sonraki hayata da İyonyalılar inanmamıştı. Çok tanrılı bir inanç sisteminin yer aldığı insanı merkezci bu dini eğilime şüphe ile yaklaşan bir grup mevcuttu. Ksenophanes çoktanrıcılığa şüphe ile yaklaşan düşünürlerden biriydi.
''Eğer atlar ve öküzlerin elleri olsaydı ve çizim ya da heykel yapabilselerdi, atlar tanrıların şekillerini at gibi resmederdi, öküzler de öküzler gibi.'' ifadesini kullanmıştır.
Mitolojiye karşı çıkan bu zihinler, düşünceyi tamamen doğa ile karşı karşıya bıraktırılması gerektiğini savunmuştur. Bu zihniyete göre; benlik böylece nesneden ayrışmış olacaktı. Sorulan ve çeşitli şekillerde cevaplar verilen iki temel soru hakimdi. İlki, dünya bugün gördüğümüz haliyle nasıl düzenlendi sorusuydu. Doğadaki su kütleleri, hava ve ateşten kaynağını alan dünya günümüze şekillenmiştir. Ancak ikinci sorunun cevabı, ifade edilmesi daha kompleks bir soru olarak karşımıza çıkar. Yaşamın bu düzen içinde nasıl ortaya çıkmış olabileceği sorusu. Arkhe dediğimiz başlangıç noktasından bir dünyanın doğuşunu kapsayan bir cevap oluşturulmuştur. İyonyalılarda hakim olan zihniyetin öncüsü Thales, akılcı bir yaklaşım ile ''çekirdek'' kavramıyla bu soruya cevap vermiştir. Öncelikle evren, sınırsız ve düzensiz olan madde kütlesinden oluştu. Bu kütle, sıcak ve soğuk gibi birbirine karşı olan zıt güçler ile birlikte hareketlilik özelliğine de sahipti. Yumurtası akılcılıktan gelen bir yaklaşımla zıt güçler, gebe bir çekirdek oluşturmuştur. Bu çekirdek içindeki zıt güçler zamanla birbirinden ayrıştı. Soğuktan yer küresi oluşurken sıcak ise bir alev topu oluşturarak evrende mistik bir biçim oluşturmuştur. Ay, yıldızlar ve diğer ışık noktaları da alev topundan yayılan alev parçalarından meydana gelmiştir. Milattan önce 6. yüzyılda yerleşmiş kozmogoni yaklaşımı bu şekildeydi. Bu kozmogonide doğaüstü veya ''doğal'' olaylardan veya tanrısal yaklaşımlardan söz edilmemiştir. Kozmogoni bu biçimsel formunu koruyarak şeylerin değişmez doğasının daha iyi bir şekilde açıklanması gerektiğini savunmuştur. İyonya kozmogonilerinin araştırmalarının neticesinde Demokritos'un atomculuğu ortaya çıkmıştır. Sonuç olarak kozmogonide, içeriği ile birlikte dışladığı alan ve gelişmesine katkı sağladığı atomculuk önem kazanmıştır.
